מרתף השואה – Chamber of the Holocaust
רק בשנות ה-60 של המאה שעברה, הוחלט להקים את יד ושם. בטרם הוקם יד ושם, מרתף השואה היה המרכז היחיד בארץ להתצחת השואה. כל תלמידי בתי הספר היסודיים עלו למרתף השואה על הר ציון. האתר הוקם ב-1948 על ידי משרד הדתות ביוזמת הרב ד"ר שמואל זנוויל כהנא, מנכ"ל המשרד, שהיה אז "הממונה" על הר ציון. כהנא ביקש להקים אתר זיכרון, שיהווה מעין "קבורה סמלית" לקהילות שנכחדו. הכביש הסמוך מעלה שז״ך נקרא על שמו. הוא שימש כמנכ"ל משרד הדתות במשך כ-20 שנה וזכה בתואר ״מנכ"ל המשרד הממשלתי הוותיק ביותר״. כידוע ש״ז כהנא עסק במיוחד בפיתוח המקומות הקדושים בארץ ישראל כולל קברי צדיקים.
ראשיתו של אתר הנצחה זה בהחלטת הרבנות בסוף 1949 לגנוז במקום ספרי תורה שהובאו בעיקר מפולין ואחר כך גם עשרות צנצנות אפר מאפרם של הנרצחים במחנות ובאתרי השמדה באוסטריה, בגרמניה ובפולין.28 במהלך שנות החמישים נגנזו במרתף השואה צנצנות אפר נוספות.
המיקום על הר ציון נבחר בהשראת פסוק מספר עובדיה:
“וּבְהַר צִיּוֹן תִּהְיֶה פְלֵיטָה, וְהָיָה קֹדֶשׁ” (א’, יז)
מרתף השואה מתמקד בחורבן הקהילות ובזיכרון הקולקטיבי הדתי. מן ההנצחה במקום נעדרות גם נוכחותן של התנועה הציונית ומדינת ישראל. המוזיאון סמוך לקבר דוד המלך. מוזיאון מרתף השואה מנוהל בידי ישיבת התפוצות – ישיבה חרדית, על הר ציון בירושלים, ליד מתחם דורמיציון (מכונה לעיתים גם ישיבת הר ציון) הסמוכה. למוזיאון בעל אוריינטציה חרדית.
בעבר ניהלה הישיבה גם את אתר קבר דוד המלך הסמוך. כיום מנהל את המקום המרכז הארצי למקומות הקדושים. הישיבה מנהלת מאבק נגד מסירתו של קבר דוד לידי הוותיקן.
חדרי תצוגה של אלמנטים דתיים
במוזיאון מוצגים הממוספרים על פי האלף-בית העברי. רבים מהמוצגים עוסקים באלמנטים דתיים כגון ספר תורה מוכתם בדם מוואנגרוב שבפולין, השוכב בקבר שקוף בכניסה, או סידור בכתב יד שנכתב על פי זיכרונו של יהודי שנאסר במחנה הריכוז בוכנוולד. תצוגות נוספות כוללות תיקים, סוליות נעלים, תוף וארנקים העשויים מקלף של ספרי תורה, מדים של אסיר מאושוויץ וכן מעיל קצר שעשוי גם הוא מגווילי תורה ונתפר עבור קצין נאצי.
לוחות זיכרון עבור קהילות היהודיות שנכחדו בשואה
כ-1500 מצבות זיכרון מכסות את קירות המרתף ואת החצר הרחבה, בימים אלו מושקעים מאמצים מרובים על מנת לשמר את מצבות הזכרון ובשיפוץ הלוחות שניזוקו עם השנים.
אנדרטת האפר והסבון
במרתף מוצגים 31 צנצנות של אפר של הנספים.

ההסבר מציין שהאנדרטה מורכבת ממכלי אפר מהמשרפות וחתיכות של סבון "ריף" גרמני משומן של יהודים. על פי שמועות שהופצו במהלך מלחמת העולם השנייה, הנאצים ייצרו סבון מרקמות שומן אדם, ובפרט מרקמות שומן של יהודים שהושמדו בשואה. הגרמנים אכן ניסו לייצר סבון מרקמות שומן אדם, אך מרבית ההיסטוריונים סבורים שלא נעשה ייצור בקנה מידה גדול. ביד ושם קבעו בהצהרה רשמית שמעולם לא הוכח שהנאצים ייצרו סבון משומן של יהודים ומספר עדויות שנבדקו בנושא זה נמצאו חסרות בסיס.
בענין כניסת כהנים למוזיאון השואה
בדבר השאלה אם מותר לכהנים לבקר במוזיאון השואה ביד ושם בעה"ק ירושלים ת"ו, אשר שם מונח אפר של קדושים שנספו בשואה ושרפום בני עולה. הי"ד. ובנ"ד שיש שם אפר קדושי השואה הי"ד. ששרפום עד שהיו לאפר גמור, דטהור הוא דקי"ל כחכמים. ובודאי דאין בו טומאת אהל כלל, דלא רק בנתבלבלה צורת תבניתו מיירי, אלא שהכל נשרף והפך לאפר גמור דבודאי שאין בו טומאה כלל.